El 6 de junio de 1990 nació por decreto presidencial una institución denominada Comisión Nacional de Derechos Humanos, constituyéndose como un Organismo desconcentrado de dicha Secretaría. Posteriormente, mediante una reforma publicada en el Diario Oficial de la Federación el 28 de enero de 1992, se adicionó el apartado B del artículo 102, elevando a la CNDH a rango constitucional y bajo la naturaleza jurídica de un Organismo descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, dándose de esta forma el surgimiento del llamado Sistema Nacional No Jurisdiccional de Protección de los Derechos Humanos.

Finalmente, por medio de una reforma constitucional, publicada en el Diario Oficial de la Federación el 13 de septiembre de 1999, dicho Organismo Nacional se constituyó como una Institución con plena autonomía de gestión y presupuestaria, modificándose la denominación de Comisión Nacional de Derechos Humanos por la de Comisión Nacional de los Derechos Humanos. Esta reforma constituye un gran avance en la función del Ombudsman en México, ya que le permite cumplir con su función de proteger y defender los Derechos Humanos de todos los mexicanos.

3 de Junio de 1861
Alrededor de las dos de la tarde, en una hacienda de Tlatenango cercana a Tepeji del Río, una partida militar a las órdenes de Félix María Zuloaga y Leonardo Márquez, ejecuta a Melchor Ocampo no obstante la súplica de los vecinos de que no lo hagan, ya que de esta manera, en la mañana de este mismo día, habían podido salvar del paredón a León Ugalde.
El día 1º de junio, una gavilla de cien hombres al mando del Gachupín “Lindoro Cajiga había apresado a Ocampo en su finca Pomoca, en donde permanecía pese a la advertencia de que podía tener problemas, pues decía: `Nada tengo que temer, no he hecho mal a nadie; he procurado servir a mi país conforme a mis ideas; es todo lo que puede exigirse a un ciudadano”.

De Pomoca había sido trasladado a Maravatío, luego a Guacalco y finalmente a Tepeji del Río, para ser entregado a Márquez. Al tener noticia de la aprehensión, el Gobierno y el Partido Liberal recurrieron a la Sra. Zuloaga y al ministro Saligny para que hicieran llegar a Zuloaga, la propuesta de pagar un rescate en dinero, o de hacer el canje de algunos presos reaccionarios. Pero cuando Zuloaga se enteró ya Ocampo había sido fusilado, según Márquez cumpliendo órdenes de Zuloaga. Sin embargo, tiempo después, este último afirmaría que el fusilamiento había sido una de cisión tomada por Márquez sin consultarle, pues él pensaba hacer el canje de Ocampo por algunos prisioneros como Zaldívar, Elguero y Cuevas. Que desde antes, Márquez le había dicho: “Es preciso fusilar a Ocampo; es muy liberal; es el autor del tratado McLane”. A lo cual él había respondido: “No; porque no se le ha cogido con las armas en la mano. Enhorabuena que sea juzgado en consejo presidido por usted y que se le sentencie”. Que habiendo ordenado fusilar a Ugalde, Márquez aparentó que por una confusión, sus soldados habían entendido que la orden se refería a Ocampo.