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Desde la época colonial fue una dependencia del municipio de Allende. En 1826 se le consideró como una sección municipal, pasó a depender en 1847 de Hidalgo del Parral y por decreto de 31 de julio de 1874 se le concedió la categoría de municipio. La cabecera municipal es Villa Matamoros, lugar llamado primitivamente San Isidro de las Cuevas, el 28 de julio de 1922, por decreto se la da su nombre actual en honor del caudillo insurgente Mariano Matamoros. El templo de San Isidro Labrador es una construcción de los franciscanos y data de 1879, está ubicado en la cabecera municipal.

Un día como hoy 24 de julio, pero de 1912, fue inaugurada la escuela Libre de Derecho.
La institución privada más longeva para la enseñanza de la profesión jurídica en México, la Escuela Libre de Derecho, nació el 24 de julio de 1912. Ha transcurrido un siglo y una década con grandes cambios en el interior del país y en el resto del mundo, pero se dice que las tormentas demuestran la fuerza de las anclas de todo barco.
A principios de este siglo, cuando el gran historiador de la Universidad de Columbia, Charles Adam Hale, autoridad destacada sobre el liberalismo en México, realizaba en nuestro país investigaciones para su biografía de una de las grandes personalidades de esta doctrina, que también participó en la fundación de la Escuela, decidió entrevistar algunos historiadores y abogados, bajo la idea de que la institución no había logrado sobrevivir más allá de una temporada de lluvias, según el vaticinio de su primer rector honorario, Luis Méndez, pero uno de ellos lo llevó a visitar sus actuales instalaciones, y el historiador apenas logró contener su sorpresa al verla no sólo viva y enorme sino en pleno desarrollo.